Der Verein „Musikschule Gauting-Stockdorf e.V.“ tritt zu seiner konstituierenden Sitzung zusammen und wählt Herrn Dr. Heinz Hermann Niemöller zu seinem Vorsitzenden. Der Verein wird am 4. Oktober beim Amtsgericht eingetragen und vom Finanzamt als gemeinnützig anerkannt. Er erhält Zuschüsse von der Gemeinde Gauting in Höhe von 35.000 DM und wird Mitglied im Verband deutscher Musikschulen sowie im Verband Bayerischer Sing- und Musikschulen.

Walther Brandt wid zum neuen Vorsitzenden der Musikschule gewählt. In seine Amtszeit fällt die Einführung der - bundesweit eine der ersten - Bläserklasse am Gautinger Gymnasium und auch der tragische Tod der Schulleiterin Petra Fischer-Dieskau. Während der schweren Krankheit der Schulleiterin übernehmen zuerst Gitarrenlehrer Hans Hofauer, später Gesangslehrerin Heidrun Müller-Witzani kommisarisch die Leitung der Schule.

Der Förderverein der Musikschule tritt zu seiner konstituierenden Sitzung zusammen. Engagierte Eltern und Dozenten wollen eine Förderung von begabten und/oder bedürftigen Schüler/innen und die Finanzierung von Veranstaltungen und Musikfreizeiten auf eigene Beine stellen.

Im März 2003 wird der Münchner Musikpädgoge und Musikwissenschaftler Christian Hiesel-Schill zum Nachfolger von Petra Fischer-Dieskau berufen. Gemeinsam mit seinem Kollegium versucht er, die Musikschule mit neuen Veranstaltungenformaten zu beleben und sie damit verstärkt in die öffentliche Wahrnehmung zu bringen.

Der gerade frisch berufene geschäftsführende Beamte der Gemeinde Gauting, Joachim Graf, wird neuer Vorsitzender der Musikschule. Die Konsolidierung der chronisch knappen Musikschul-Kasse und die Verbesserung der räumlichen Situation liegen als Herkules-Aufgaben vor ihm.

Die Schülerzahl hat sich in der Zwischenzeit dank weiterer Kooperationen mit Grund-, Haupt- und Realschulen fast verdoppelt. Mit dem internationalen Heinrich-Albert-Gitarrenwettbewerb, der Musicalwerkstatt für Kinder und Jugendliche und dem Gautinger Sommernachtstraum, einem Klassik-Open-Air im Schlosspark Fußberg, gewinnt die Musikschule auch überregionale Anerkennung.

Beim 20. Gründungsjubiläum präsentiert sich die Musikschule in einer Festwoche mit einer Konzertreihe. Regional verwurzelte Künstler wie Ingolf Turban, Heinrich Klug, Susanne Forster und das Modern String Quartett treten für die Musikschule auf. Bei einem gemeinsamen Festkonzert des Kollegiums mit dem Verein der Musikfreunde wird den früheren Vorsitzenden Dr. Heinz Niemöller und Walter Brandt die Ehrenmitgliedschaft verliehen.

Die Sopranistin Jasmin Klingan wird als Nachfolgerin von Joachim Graf zur neuen Vorsitzenden der Musikschule gewählt.

Seit September 2017 kann die Musikschule erstmals selbstverwaltete Unterrichtsräume auf knapp 250 qm nutzen. Die Geschäftsstelle der Musikschule und mehrere Unterrichtsräume, darunter ein knapp 100qm großer Mehrzwecksaal für die Musikalische Früherziehung, für Band- und Orchesterproben und für Schülerkonzerte befinden sich in den neuen Räumen in der Schulstraße 4.

Mit dem Beginn des neuen Schuljahres übernimmt die Diplom-Musikpädagogin Denise Kirschke die Schulleitung. Seit 2011 unterrichtet sie an der Musikschule Violine, Viola, EMP und leitet das Streichorchester. Ziele sind die Schülerzahlen stabil zu halten und die Ensemble-Arbeit weiter auszubauen.